兰科盆距兰属的质体基因组进化、系统基因组学和DNA条形码研究

兰科盆距兰属 (Gastrochilus) 约含70种,主要分布在亚洲热带和亚热带地区,具有较高的形态多样性。近年来系统发育研究均证实了盆距兰属的单系性,但属内的系统发育关系尚未完全解决。尤其是香兰 (Haraella retrocalla) 的系统发育位置仍不确定,争议主要在于该种与盆距兰属的关系。因此,本研究新报道了5个盆距兰属植物的质体基因组,比较了16个盆距兰属植物的质体基因组结构,并进行了系统发育分析。


结果表明,盆距兰属植物的质体基因组长度介于146,183 bp到148,666 bp之间,GC含量为36.7–36.9%。每个叶绿体基因组上共注释了120个基因,其中包括74个蛋白质编码基因,38个tRNA基因和8个rRNA基因。盆距兰属植物的质体基因组未发生IR边界的明显收缩或扩张、基因重排或倒置,而且该属植物质体基因组的重复序列和密码子偏好性均高度保守。此外,本研究基于核苷酸多样性分析选择了20个高变区作为潜在的DNA条形码,并通过构建系统发育树验证了所选的高变区对盆距兰属系统发育关系的解析能力。系统发育基因组学研究表明,盆距兰属可以分为4个具有高支持率的分支,其中香兰是最基部类群。此外,基于14个茎、叶和花形态特征的主成分分析也表明香兰与盆距兰属物种在形态上没有明显差异。因此,本研究基于分子和形态学数据均强烈支持香兰归并入盆距兰属。



本研究以“Plastome evolution, phylogenomics, and DNA barcoding investigation of Gastrochilus (Aeridinae, Orchidaceae), with a focus on the systematic position of Haraella retrocallahttps://doi.org/10.3390/ijms25158500为题发表于生物学主流期刊International Journal of Molecular Sciences (JCR Q1,中科院2区,IF=4.9)。该项工作由南昌大学、中国科学院西双版纳热带植物园、香港嘉道理农场合作完成。南昌大学生命科学学院博士生周鹏为论文第一作者,向小果研究员为通讯作者。本研究得到了国家自然科学基金 (32060056和32360063)、江西省人才项目以及江西省自然科学基金 (ZBG2023041802920232ACB205010) 项目的资助。