广义万代兰属的质体基因组进化和比较分析
时间:2024-09-06 来源:
广义万代兰属 (Vanda s.l.) 约含73种,具有重要的园艺和观赏价值。前人系统发育研究支持广义万代兰属的单系性,然而几个基因片段未完全解决该属的种间亲缘关系。因此,本研究新报道了5个万代兰属的质体基因组,并结合前人发表的8个万代兰属植物的质体基因组,开展了质体基因组结构和质体基因组进化分析,并构建了该属的系统发育关系。
结果表明,13个广义万代兰属植物的质体基因组长度介于146,340–149,490 bp之间,GC 含量为36.5–36.7%。每个质体基因组含有120个基因,其中包括74个蛋白质编码基因,38个tRNA基因和8个rRNA基因。所有的ndh基因均丢失或假基因化。该属植物质体基因组的IR边界未发生明显收缩或扩张,且大部分物种的基因组结构和和基因顺序高度保守,仅发现大花万代兰 (Vanda coerulea) 大单拷贝区的trnGGCC-ycf3区域出现反转。此外,该属植物质体基因组的重复序列和密码子偏好性也高度保守,且11个高变区被选为潜在的DNA条形码。质体全基因组数据完全解决了万代兰属物种间的系统发育关系。该研究为万代兰属的系统发育、生物地理和保护生物学研究提供了重要的遗传学数据。
本研究以“Plastome evolution and comparative analyses of a recently radiated genus Vanda (Aeridinae, Orchidaceae)”(https://doi.org/10.3390/ijms25179538) 为题发表于生物学主流期刊 International Journal of Molecular Sciences (JCR Q1,中科院2区,IF=4.9)。该项工作由南昌大学和中国科学院西双版纳热带植物园合作完成。南昌大学生命科学学院硕士生雷万顺为论文第一作者,向小果研究员为通讯作者。本研究得到了国家自然科学基金 (32060056和32360063)、江西省人才项目以及江西省自然科学基金 (ZBG20230418029和20232ACB205010) 项目的资助。