南昌大学流域生态学研究所、鄱阳湖环境与资源利用教育部重点实验室一直与复旦大学生命科学学院和复旦发展研究院密切合作，开展长江大保护与流域生物多样性相关研究。

2025年，复旦大学宋志平教授团队与南昌大学流域生态学研究戎俊研究员等在著名生态学期刊Molecular Ecology发表论文，研究了普通野生稻种群遗传多样性的动态变化，为水稻遗传资源的保护提供重要科技支撑。

2023-2024年，复旦大学宋志平教授、张文驹教授与南昌大学戎俊课题组赵耀博士合作对长江口滩涂菰种质资源开展调查，发现耐盐、早熟、高产等多种类型的优异种质。基于此发现，联合申请并获批了复旦大学生物多样性科学与生态工程教育部重点实验室开放基金“长江口湿地菰种群耐盐性及其遗传基础研究（2024-FDU-KF-07）”。双方联合发布了首个中国特色水生蔬菜作物茭白/菰的完整基因组，该成果以“De novo assembly of a near-complete genome of aquatic vegetable Zizania latifolia in the Yangtze River Basin.”为题发表于Scientific Data期刊。此外，双方还在濒危植物保护、系统发育与进化领域一直保持长期交流与合作（You et al. 2021 Ann.Bot.; Ouyang et al. 2021 Front.Plant Sci.）

2024年，南昌大学流域生态学研究所和复旦大学生物多样性科学与生态工程教育部重点实验室等单位研究人员联合在著名进化生物学期刊Journal of Systematics and Evolution发表研究论文（Qin et al., 2024）。该研究系统解析了山茶属油茶组物种复杂的网状进化历史，揭示了重要木本油料植物油茶可能的杂交和多倍化起源过程，为油茶遗传资源的挖掘与利用奠定了基础。

2023年，与复旦大学生命科学学院聂明教授团队合作研究发现，水文情势显著影响了鄱阳湖洲滩湿地土壤胞外酶活性的温度敏感性，为气候变化下生物地球化学模型的变化提供了参考。相关研究成果以“Flooding duration affects the temperature sensitivity of soil extracellular enzyme activities in a lakeshore wetland in Poyang Lake, China” 为题发表在生态环境类权威期刊Science of the Total Environment (IF = 10.753)。

2023年，主办“第六届中国生态文明大讲坛”，特别邀请复旦大学卢宝荣教授做大会报告。卢宝荣教授以“生态环境、基因资源与国家振兴”为题，从“民以食为天”出发，提出有效保护和利用基因资源及其赖以生存的生态环境，是农作物品种改良和育种的关键，是保障粮食安全以及实现种业振兴的根本，是国家振兴和民族发展的重要基石。卢宝荣教授从建设生态文明与美丽中国、保护生态环境与基因资源、以及基因资源利用与国家振兴三个方面来阐述，并讨论了生态环境、基因资源和国家振兴之间的关系及其重要意义。

2023年，复旦大学陈家宽教授与南昌大学戎俊研究员应邀在全国自然保护地与生物多样性保护学术研讨会做大会报告，“我们研究长江流域生物多样性与自然保护的轨迹与感悟”。总结了南昌大学流域生态学研究所长江大保护研究的主要成果，包括：出版重要著作《生态文明——人类历史发展的必然选择》；提出长江大保护的范围、对象和目的，参与《长江保护法》起草；在长江中下游流域湿地生态演变与自然保护方面成果显著；强调长江大保护应重视植物遗传多样性保护和可持续利用；在长江流域野生油茶遗传资源挖掘与利用方面成果突出。陈家宽先生教导广大青年学者要“善于聆听时代声音”，瞄准国家需求与科学前沿，为促进人与自然和谐发展奉献自己的力量。报告得到大会线上线下1400余人的关注，引起参会学者的热烈反响。